根据《国家税务总局关于简化增值税发票领用和使用程序有关问题的公告》(国家税务总局公告2014年第19号)规定：一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，按以下情况处理：（1）如果丢失前已认证相符的，购买方可凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证;（2）如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符的可凭专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。专用发票记账联复印件和《证明单》留存备查。（3）一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票联复印件留存备查;如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联认证，专用发票发票联复印件留存备查。
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增值税专用发票丢失的，应当于发现丢失当日书面报告税务机关。纳税人同时丢失已开具增值税专用发票的发票联和抵扣联，可凭加盖销售方发票专用章的相应发票记账联复印件，作为增值税进项税额的抵扣凭证、退税凭证或记账凭证。
增值税一般纳税人申请抵扣的防伪税控系统开具的增值税专用发票，增值税一般纳税人，在收到增值税专用发票后，在发票开具日期起180天之内认证，可以抵扣进项税，当期够抵扣不完的，可以留抵。
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