1、根据《刑事诉讼法》第一百三十九条在侦查活动中发现的可用以证明犯罪嫌疑人有罪或者无罪的各种财物、文件，应当查封、扣押;与案件无关的财物、文件，不得查封、扣押。对查封、扣押的财物、文件，要妥善保管或者封存，不得使用、调换或者损毁。第一百四十条对查封、扣押的财物、文件，应当会同在场见证人和被查封、扣押财物、文件持有人查点清楚，当场开列清单一式二份，由侦查人员、见证人和持有人签名或者盖章，一份交给持有人，另一份附卷备查。 2、所以，对于公安机关查封、扣押的文件，公安机关应当应当妥善保管，如果丢失，公安机关肯定要负责的。但是不知道当时公安机关是否制作了查封、扣押清单？如果当时没有出具的话，建议你要求公安机关出具一份查封、扣押清单，这样，即使以后真的丢了，你也没有责任，因为公安机关办案，你只能予以协助，不能拒绝，你是不存在过错的。 3、从你们公司内部讲，你在头一天就已经将票据交给会计了，你将票据交给会计之后，会计应当负责对票据的保管，现在凭证在会计手上被查封、扣押了，理应由会计负责，所以，你也可以要求会计出具收到票据的证明，如果会计不愿意出，你可以找她谈话，让她承认在前一天就已经收到票据了，把谈话的内容偷偷录下来，也可以作为证据适用。
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公安机关办理查封对于扣押的物品、文件、邮件、电子邮件、电报，应当指派专人妥善保管，不得使用、调换、损毁或者自行处理。经查明确实与案件无关的，应当在三日以内解除扣押，退还原主或者原邮电部门、网络服务单位。
行政强制法关于扣押，查封的规定根据《行政强制法》第23条的规定：查封、扣押限于涉案的场所、设施或者财物，不得查封、扣押与违法行为无关的场所、设施或者财物；不得查封、扣押公民个人及其所扶养家属的生活必需品。当事人的场所、设施或者财物已被其他国家机关依法查封的，不得重复查封。
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