如果是因为劳动者的离职给公司造成了一定的损失，公司是可以从劳动者的工资中扣除一定的金额作为赔偿的，但是公司在员工自动离职不发放工资是不合法的。 给用人单位工作，有两个途径可以要求支付工资： 1、劳动者可以到当地劳动局劳动监察投诉；优点：方式简单。缺点：各地执法力度可能不是很大； 2、可以到当地劳动局（人力资源和社会保障局劳动争议仲裁委员会）申请仲裁，要求支付工资。如果未签订劳动合同，可以要求支付未签订劳动合同的双倍工资。如果是以拖欠工资提出的解除劳动关系，还可以要求支付经济补偿金。优点：除了工资外，还可以主张经济补偿、双倍工资等，并且一般都可以最终解决；缺点：申请劳动仲裁就是打劳动官司，程序稍多，需要专业人士指导。
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员工自动离职，企业应该做的是： 1、首先企业应给员工发送《限期返岗通知书》，限定日期返回工作岗位； 2、若员工未按要求返岗，开始计算员工旷工天数，达到可以解除劳动合同的天数（天数视自己企业的规章制度规定确定，一般连续旷工3天以上）后给员工发送《解除劳动合同通知书》，可以先选择人为送达的方式送到家里，如果没有人，再用EMS送，如果员工签收了，那么程序结束，如果没有签收还要走60天报纸公告程序。以上各种方式要留存未送达的凭据。
自动离职公司不发工资的处理方式：劳动者可以向劳动行政部门进行举报投诉，由劳动行政部门责令在一定的限期内支付劳动报酬，逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金。
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