按照《社会保险法》规定，基本医疗保险与工伤保险是两个不同的险种，基本医疗保险是保障职工非因工负伤或因患病的基本医疗需求（一般情况下，是用于一般门诊、急诊、住院等医疗费用），而工伤保险是保障因工作遭受事故伤害或者患职业病的职工获得医疗救治和经济补偿。 而按照《工伤保险条例》规定，职工因工作受到事故伤害，应由单位在1个月内报当地的劳动行政部门进行工伤认定，经过劳动刑侦部门工伤认定后，若被认定为工伤待伤情稳定后进行劳动能力鉴定，根据评定的伤残等级可享受相应的工伤待遇。 由此可见，职工在工作过程中受工伤后，应该先进行工伤认定，经过认定工伤后，医疗费的一切可由工伤保险支付，不能使用医疗保险。而医疗保险是治疗职工生病或者非因工负伤使用的，如果职工没有经过工伤认定，或者认定不是工伤，就只能用医疗保险报销。
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一是针对的对象不同。医保针对的是病，且有规定的是个人自负比例；工伤保险针对的是因工受到事故伤害的人员，或旧伤复发部位，或者并发症的医疗费用，且按规定实报实销。二是享受待遇的条件不同。医保报销的范围、报销的比例都达不到工伤保险规定的范围和比例。但发生事故伤害后，需要进行工伤认定和劳动能力鉴定后才能享受相应的工伤保险待遇。三是享受待遇的标准不同。医保待遇中，个人需按比例承担相应的费用，在治疗期间按病假处理。而工伤保险，因工伤发生的费用从工伤保险基金支付的就有９项，如治疗工伤的医疗费用和康复费用、住院伙食补助费、到统筹地区以外就医的交通食宿费等。
工伤保险没有报销比例，从理论上说，是按照100%报销，只是个别的医药或者检查不属于报销范围。一般来说，凡是工伤保险不报销的，由单位承担，个人不负担。 医疗保险根据年龄、职业、职工的状态不同，报销比例也不一样，退休的与在职的也是不一样的，一般都是在80%以上，居民医保报销的比例更少些，一般在60%左右。
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