个人独资企业的生产经营所得应纳个人所得税的计算有两种方法：查账征收与核定征收。查账征收允许比照企业所得税应纳税所得额的计算方法，扣除与其经营所得有关的成本、费用、损失等，再按照个人所得税法扣除投资者本人费用计算应纳税所得额。核定征收包括定额征收、核定应税所得率征收及其他合理的征收方式。以核定应税所得率的征收方式而言，对不同行业的应税所得率仅规定了比例范围，同一行业最低比例与最高比例差异较大。 税法规定，企业经营多业的，无论其经营项目是否单独核算，均应根据其主营项目确定适用的应税所得率，可能导致适用较低应税所得率的业务按照较高的应税所得率征税;实行核定征税的投资者，不能享受个人所得税的优惠政策;实行查账征税方式的个人独资企业改为核定征税方式后，在查账征税方式下认定的年度经营亏损未弥补完的部分，不得再继续弥补。对核定征收方式而言，这些因素都可能加重企业税负。 相比之下，查账征收的方式可以享受部分税收优惠待遇，涉税风险较小，便于投资者和税务机关全面掌握企业的生产经营情况，综合权衡后，投资者最好选择查账征收方式，这需要个人独资企业依照国家规定设置账簿，核算收入、成本、费用，并按期办理纳税申报。
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个体户的生产经营所得的个人所得税一般是按照年度缴交，计算方法是：应纳个人所得税税额=全年应纳税所得额x适用税率-速算扣除数。具体计算项目如下：全年应纳税所得额=每一纳税年度的收入总额-成本-费用-税金-损失-其他支出-允许弥补的以前年度的亏损额；适用税率和速算扣除数按照全年应纳税所得额的范围选择：全年应纳税所得额不超过15000元，适用税率是5%，速算扣除数为0：超过15000元但不超过30000元，适用税率是10%，速算扣除数为750；超过30000元但不超过60000元，适用税率是20%，速算扣除数为3750；超过60000元但不超过100000元，适用税率是30%，速算扣除数为9750；超过100000元，适用税率是35%，速算扣除数为14750。
个体生产经营所得税的计算方法如下，计算公式可以参考下列这个公式，应纳税所得额等于收入总额减去成本、费用及损失再减去起征点。应纳税额等于应纳税所得额乘以适用税率。个体工商户个人所得税征收方式可以查账征收。
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