个人独资企业的生产经营所得应纳个人所得税的计算有两种方法：查账征收与核定征收。查账征收允许比照企业所得税应纳税所得额的计算方法，扣除与其经营所得有关的成本、费用、损失等，再按照个人所得税法扣除投资者本人费用计算应纳税所得额。核定征收包括定额征收、核定应税所得率征收及其他合理的征收方式。以核定应税所得率的征收方式而言，对不同行业的应税所得率仅规定了比例范围，同一行业最低比例与最高比例差异较大。 税法规定，企业经营多业的，无论其经营项目是否单独核算，均应根据其主营项目确定适用的应税所得率，可能导致适用较低应税所得率的业务按照较高的应税所得率征税;实行核定征税的投资者，不能享受个人所得税的优惠政策;实行查账征税方式的个人独资企业改为核定征税方式后，在查账征税方式下认定的年度经营亏损未弥补完的部分，不得再继续弥补。对核定征收方式而言，这些因素都可能加重企业税负。 相比之下，查账征收的方式可以享受部分税收优惠待遇，涉税风险较小，便于投资者和税务机关全面掌握企业的生产经营情况，综合权衡后，投资者最好选择查账征收方式，这需要个人独资企业依照国家规定设置账簿，核算收入、成本、费用，并按期办理纳税申报。
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个人独资企业营业所得税应当按照个人所得税中经营所得一项进行计算。经营所得一项中的应纳税所得额为总体收入减去成本与损失后的余额，并对照税率表得出对应的税率。应纳税所得额与税率的乘积就是应当缴纳的所得税。
个人独资企业所得税的计算主要如下： 1、个人独资企业不缴纳企业所得税，而是缴纳个人所得税。《企业所得税法》第一条第二款规定：个人独资企业、合伙企业不适用本法。而适用《个人所税法》，按《个人所得税法》第二条第二款“个体工商户生产、经营所得”项目征收个人所得税。 2、税务机关对个人独资企业个人所得税的征收方法有二种，一种是查账征收适用于会计核算比较齐全的，另一种是核定征收。具体采用哪种征收方法由主管税务机关确定。
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