因保管不善等非不可抗力因素造成货物损毁、灭失的，区内企业应当及时书面报告保税港区主管海关，说明情况。经保税港区主管海关核实确认后，按照下列规定办理:(一)从境外进入保税港区的货物，区内企业应当按照一般贸易进口货物的规定，按照海关审定的货物损毁或灭失前的完税价格，以货物损毁或灭失之日适用的税率、汇率缴纳关税、进口环节海关代征税;(二)从区外进入保税港区的货物，区内企业应当重新缴纳因出口而退还的国内环节有关税收，海关据此办理核销手续，已缴纳出口关税的，不予以退还。
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海关放行前损失的货物可以免税。采取税收保全措施不当，或者纳税义务人在规定期限内已缴纳税款，海关未立即解除税收保全措施，致使纳税义务人的合法权益受到损失的，海关应当依法承担赔偿责任。海关在查验进出境货物、物品时，损坏被查验的货物、物品的，应当赔偿实际损失。海关违法扣留货物、物品、运输工具，致使当事人的合法权益受到损失的，应当依法承担赔偿责任。
标的物毁损、灭失的风险，是指“不可归责于双方当事人的”的风险，主要包括由于不可抗力、意外事件、第三人的原因导致的标的物毁损、灭失。如果合同当事人对标的物毁损、灭失具有过错，则不属于风险负担问题，应当按违约责任或债权责任处理。
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