《中华人民共和国企业所得税法实施条例》（中华人民共和国国务院令第512号）第34条，企业发生的合理的工资薪金支出，准予扣除。工资薪金，是指企业每一纳税年度支付给在本企业任职或者受雇的员工的所有现金形式或者非现金形式的劳动报酬，包括基本工资、奖金、津贴、补贴、年终加薪、加班工资，以及与员工任职或者受雇有关的其他支出。根据以上条例规定，企业发生的合理的工资薪金支出准予扣除，那么不合理的工资薪金支出即不可以扣除。
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实践中，经常有企业实行这样的做法：在劳动合同中与劳动者约定较低的工资标准，而在工作中发放较高的工资。用人单位之所以这样做，主要是想逃避法律规定的以工资为基数计算的缴纳社会保险费、计算加班费等责任。然而这种做法是不合法的。如果有发放记录等证据证明企业发放的工资与劳动合同的工资不一致，一旦发生纠纷，仲裁机构和法院会支持以实际工资为准。出现这种情况时，劳动者一定要留心保留领取工资数额时的证据。
工资中扣除的法定最高限额是当地月最低工资标准。一般情况下，用人单位不得克扣工资，但是因劳动者本人给单位造成损失的，可在其工资中扣除，但是不得超过月工资的20%。
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