养殖业管理部门应为当地县级以上财政部门、或农业部门、或畜牧兽医部门就是我们常说的财政局（负责相关惠农惠民政策的宣讲、惠农资金的直接发放），农业局和畜牧局（如果养殖的是牛羊等陆地动物，则由农业局或畜牧局负责相关补贴补助的审核、检查等），当然还有水产养殖，各地情况不尽相同，你可以直接相当地政府部门咨询
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从国家层面上是由农业部具体负责技术、政策。省市应该是农业厅局,到县就是由农业相关部门来负责了。如有的是农业局,有的是畜牧局或畜牧兽医局等。监管责任的还有质监局、工商局、安监局等等。
水产属于农业范畴，统归农业部管，行政上和水利部门无关； 在一些水产养殖欠发达的地方，有农林局，或是海洋与渔业局监管； 在水产相对成熟的地方则为：渔业局或是水产局。
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