《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发〔2000〕187号）规定，购货方与销售方存在真实的交易，销售方使用的是其所在省（自治区、直辖市和计划单列市）的专用发票，专用发票注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际相符，且没有证据表明购货方知道销售方提供的专用发票是以非法手段获得的，对购货方不以偷税或者骗取出口退税论处。但应按有关法规不予抵扣进项税款或者不予出口退税；购货方已经抵扣的进项税款或者取得的出口退税，应依法追缴。购货方能够重新从销售方取得防伪税控系统开出的合法、有效专用发票的，或者取得手工开出的合法、有效专用发票且取得了销售方所在地税务机关或者正在依法对销售方虚开专用发票行为进行查处证明的，购货方所在地税务机关应依法准予抵扣进项税款或者出口退税。《发票管理办法》第二十一条规定，不符合规定的发票，不得作为财务报销凭证，任何单位和个人有权拒收。综合上述规定，企业善意取得虚开的增值税专用发票的相关费用或货物成本，不得在税前扣除；但如果能重新按规定取得增值税专用发票，其相关的费用或货物成本，可在税前扣除。
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视情况而定。企业员工因公出差发生的住宿费，属于差旅费，取得的增值税专用发票可以按规定抵扣进项税额。用于集体福利或者个人消费，发生的住宿费不能进项税额抵扣。
下列情况下进项税额不得从销项税额中抵扣： 1.用于非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物或者应税劳务。 2.非正常损失的购进货物及相关的应税劳务。 3.非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或者应税劳务。 4.国务院财政、税务主管部门规定的纳税人自用消费品。 5.本条第1项至第4项规定的货物的运输费用和销售免税货物的运输费用。 6.购进小轿车等缴纳消费税固定资产、房屋。 7.用于非应税项目的购进货物或者应税劳务。 8.用于免税项目的购进货物或者应税劳务。 9.用于集体福利或者个人消费的购进货物或者应税劳务。 10.非正常损失的购进货物。 11.非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物或者应税劳务。
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