《国家税务总局关于纳税人善意取得虚开的增值税专用发票处理问题的通知》（国税发〔2000〕187号）规定，购货方与销售方存在真实的交易，销售方使用的是其所在省（自治区、直辖市和计划单列市）的专用发票，专用发票注明的销售方名称、印章、货物数量、金额及税额等全部内容与实际相符，且没有证据表明购货方知道销售方提供的专用发票是以非法手段获得的，对购货方不以偷税或者骗取出口退税论处。但应按有关法规不予抵扣进项税款或者不予出口退税；购货方已经抵扣的进项税款或者取得的出口退税，应依法追缴。购货方能够重新从销售方取得防伪税控系统开出的合法、有效专用发票的，或者取得手工开出的合法、有效专用发票且取得了销售方所在地税务机关或者正在依法对销售方虚开专用发票行为进行查处证明的，购货方所在地税务机关应依法准予抵扣进项税款或者出口退税。《发票管理办法》第二十一条规定，不符合规定的发票，不得作为财务报销凭证，任何单位和个人有权拒收。综合上述规定，企业善意取得虚开的增值税专用发票的相关费用或货物成本，不得在税前扣除；但如果能重新按规定取得增值税专用发票，其相关的费用或货物成本，可在税前扣除。
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处三年以下有期徒刑或者拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金.虚开增值税专用发票、用于骗取出口退税、抵扣税款发票罪虚开增值税专用发票或者虚开用于骗取出口退税、抵扣税款的其他发票的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处二万元以上二十万元以下罚金；虚开的税款数额较大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金；虚开的税款数额巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处五万元以上五十万元以下罚金或者没收财产。单位犯本条规定之罪的，对单位判处罚金，并对其直接负责的主管人员和其他直接责任人员，处三年以下有期徒刑或者拘役；虚开的税款数额较大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑。
可以抵扣的进项税额包括以下四项： (1)从销货方取得的专用发票上注明的增值税税额.自2003年3月1日起,一般纳税人申请抵扣的防伪税控系统开具的增值税专用发票； 必须自该专用发票开具之日起90日内到税务机关认证,并应在认证通过的当月按照有关规定核算当期进项税额并申报抵扣,否则不能抵扣其进项税额； (2)从海关取得的海关进口增值税专用缴款书上注明的增值税额(只允许取得专用缴款书原件的单位抵扣)； (3)购进农产品,除取得增值税专用发票或者海关进口增值税专用缴款书外,购进农业生产者销售的农产品(凭收购凭证)或向小规模纳税人购买的农产品(凭普通发票)； 准予按照买价和13%的扣除率,计算进项税额。 对烟叶税纳税人按规定缴纳的烟叶税,准予并入烟叶产品的买价计算增值税的进项税额,并在计算缴纳增值税时予以抵扣.即:购进烟叶准予抵扣的增值税进项税额=(烟叶收购金额+烟叶税)×13%； 烟叶收购金额包括纳税人支付给烟叶销售者的烟叶收购价款和价外补贴,价外补贴统一暂按烟叶收购价款的10%计算,即烟叶收购金额=烟叶收购价款×(1+10%). (4)、外购货物(包括可抵扣进项税额的固定资产)和销售货物所支付的运输费用(包括建设基金,不包括装卸费、保险费等其他杂费),依据合法的运费结算单据； (套印全国统一发票监制章的货票,不包括货物定额发票),按7%的扣除率计算进项税额并准予抵扣.向主管国税机关填报《增值税运输发票抵扣清单》纸质文件及电子信息,未报送的,其进项税额不得抵扣。
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