轻伤案件已经在派出所调解的，检察院仍可以起诉。 根据《刑事诉讼法》的规定，对于轻伤案件，可以由公安机关组织双方当事人进行和解，达成和解协议并取得被害人谅解的，可以由法院予以从宽处理；对于犯罪情节轻微，不需要判处刑罚的，检察院也可以作出不起诉的决定。 所以，轻伤案件在公安机关达成和解协议后，检察院根据案件具体情况，仍是可以向法院提起公诉的。 《刑事诉讼法》 第二百七十七条下列公诉案件，犯罪嫌疑人、被告人真诚悔罪，通过向被害人赔偿损失、赔礼道歉等方式获得被害人谅解，被害人自愿和解的，双方当事人可以和解： (一)因民间纠纷引起，涉嫌刑法分则第四章、第五章规定的犯罪案件，可能判处三年有期徒刑以下刑罚的； (二)除渎职犯罪以外的可能判处七年有期徒刑以下刑罚的过失犯罪案件。 犯罪嫌疑人、被告人在五年以内曾经故意犯罪的，不适用本章规定的程序。 第二百七十八条双方当事人和解的，公安机关、人民检察院、人民法院应当听取当事人和其他有关人员的意见，对和解的自愿性、合法性进行审查，并主持制作和解协议书。 第二百七十九条对于达成和解协议的案件，公安机关可以向人民检察院提出从宽处理的建议。人民检察院可以向人民法院提出从宽处罚的建议；对于犯罪情节轻微，不需要判处刑罚的，可以作出不起诉的决定。人民法院可以依法对被告人从宽处罚。
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一般刑事案件，是派出所查处后由公安部门移交给检察院，然后由检察院提起公诉，最后由法院来进行审判的，如果情况轻微，检察院作出不予起诉的决定，则公安局会按照相应的处罚之后进行结案。
自首可以去公安局或检察院，二者都属于公安机关。根据法律规定，犯罪以后自动投案，如实供述自己的罪行的，是自首。犯罪嫌疑人主动、直接向公安机关、人民检察院或者人民法院投案属于自首。对于自首的犯罪分子，可以从轻或者减轻处罚。
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