《招投标法》第四十六条招标人和中标人应当自中标通知书发出之日起三十日内，按照招标文件和中标人的投标文件订立书面合同。招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。招投标到中标是一个比较复杂的过程，你所说的问题，要具体问题具体分析，看投标人是否对招标人所列的条件进行了响应。看你所说的冲突是否属于属于造价、工期、质量等实质性的内容。如果是，那应该以双方招投标文件及附属文件为准，因为那是双方真实的意思表示（要约对承诺），如果是有关违约责任等其他内容，那应该以合同为准。
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对违反招投标文件或违背合同实质性内容订立合同行为的处罚《中华人民共和国招标投标法实施条例》(2011年12月20日国务院令第613号公布) 第七十五条招标人和中标人不按照招标文件和中标人的投标文件订立合同，合同的主要条款与招标文件、中标人的投标文件的内容不一致，或者招标人、中标人订立背离合同实质性内容的协议的，由有关行政监督部门责令改正，可以处中标项目金额5‰以上10‰以下的罚款。
在依据招标投标文件订立合同（一般此合同为本案合同）后，不得再行订立违背合同的其他协议。此时合同才是双方的真实意思表示，应当以合同为准。
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