专业分析：
1、公司被收购，如果已有三方协议，即原公司、新公司、员工三方签署工龄连续计算和工资福利及岗位不变的协议，实际并不影响你的利益，你不能以此事要求公司支付经济补偿金。
2、你的工作年限及工龄在新单位连续计算，收购后的公司须承认。若该公司违法辞退你了，你可以要求该公司赔偿。
3、实际上原公司处理此事方法不当，只需签一份三方协议即可，不必要求员工写离职申请。如果已跟收购公司签订工龄连续计算和工资福利及岗位不变的新劳动合同，再签离职申请已没有意义，不会对员工产生实质影响。 综上，你签署上述新的劳动合同后，签不签离职申请均可，均不会产生违法劳动法的情形，都不可能据此要求赔偿。
