关于增值税发票丢失怎么办的问题，根据以下五种不同的情况有相应的处理方法：1、一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，这种情况的增值税发票丢失怎么办。如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证；2、如果丢失前未认证的，这种情况的增值税发票丢失怎么办。购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关同意后，可作为增值进项税额的抵扣凭证。3、一般纳税人丢已开具专用发票的抵扣联，这种情况的增值税发票丢失怎么办。如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票联复印件留存备查。4、如果丢失前未认证的，可使用专用发票的发票联到主管机关认证，专用发票的发票联复印件留存备查。5、一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联，这种情况的增值税发票丢失怎么办。可以将专用发票抵扣联作为记账凭证，专用发票抵扣联复印件留存备查。处理流程增值税发票丢失怎么办，首先要到办税厅领取并填写《发票挂失/损毁报告表》，并且要在报纸上刊登遗失声明，申请主管税务局出《丢失增值税专用发已报税证明单》。《丢失专用已报税证明单》申请开具流程：（一）申请。纳税人携带上述资料到办税服务厅申报征收岗申请开具丢失专用已抄报税证明单。（二）受理审核。办税服务厅申报征收岗受理审核纳税人提交的资料。符合条件的，当场受理办理。纳税人提交纸质资料不全或者填写内容不符合的，一次性告知纳税人补正或重新填报。（三）开具。纳税人提供资料符合条件的，办税服务厅申报征收岗即时开具丢失专用已抄报税证明单。
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一般纳税人丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联，如果丢失前已认证相符的，购买方可凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》(以下简称《证明单》)，作为增值税进项税额的抵扣凭证。 如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件进行认证，认证相符的可凭专用发票记账联复印件及销售方主管税务机关出具的《证明单》，作为增值税进项税额的抵扣凭证。专用发票记账联复印件和《证明单》留存备查。
首先，应分清丢失发票的责任，如是销售方的责任，应接受税务机关作出的未按规定保管发票的处罚，如是购买方的责任，要求对方出具丢失发票的说明或主管税务机关对其未按规定保管发票行为的处罚证明，然后分下列情况处理：销售方丢失增值税专用发票的： (1)丢失的空白未开具的增值税专用发票的，首先按规定程序向销售方当地主管税务机关、公安机关报失，接受税务机关处罚;其次，由主管税务机关代收取“挂失登报费”，并将丢失专用发票的纳税人名称、发票份数、字轨号码、盖章与否等情况，统一传(寄)中国税务报社刊登“遗失声明”。 (2)销售方丢失已开具专用发票的发票联和抵扣联的，待申报、报税后向主管税务机关申请出具《丢失增值税专用发票已报税证明单》，并把该证明和丢失发票的记账联复印件交购买方抵扣。 (3)销售方丢失已开具专用发票的抵扣联、发票联其中一联(两联没有全部丢失)的：可让购买方使用未丢的联次到主管税务机关认证和记帐，复印件留存备查。购货方丢失增值税专用发票的： (1)如果丢失前已认证相符的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证; (2)如果丢失前未认证的，购买方凭销售方提供的相应专用发票记账联复印件到主管税务机关进行认证，认证相符的凭该专用发票记账联复印件及销售方所在地主管税务机关出具的《丢失增值税专用发票已报税证明单》，经购买方主管税务机关审核同意后，可作为增值税进项税额的抵扣凭证。
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