公司协商解除劳动合同，工伤员工的赔偿，如果与工伤员工协商一致的，除了支付工伤待遇外，应按员工工龄，一年支付一个月工资的经济补偿金，如果无法协商一致的，用人单位单方解除合同的，应支付违法解除劳动合同的二倍经济补偿金的赔偿金，同时也要支付工伤待遇的。相关依据如下；一、《劳动合同法》第三十六条用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。第四十六条有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：（一）劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的；（二）用人单位依照本法第三十六条规定向劳动者提出解除劳动合同并与劳动者协商一致解除劳动合同的；（三）用人单位依照本法第四十条规定解除劳动合同的；（四）用人单位依照本法第四十一条第一款规定解除劳动合同的；（五）除用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同，劳动者不同意续订的情形外，依照本法第四十四条第一项规定终止固定期限劳动合同的；（六）依照本法第四十四条第四项、第五项规定终止劳动合同的。
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工伤职工与单位协商解除劳动合同，由工伤保险基金支付一次性工伤医疗补助金，由用人单位支付一次性伤残就业补助金。劳动关系双方依法解除或终止劳动合同时，用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。
双方协商解除劳动合同的补偿有：由劳动者提出的，用人单位不需要赔偿；属于用人单位提出的，应当向劳动者支付经济补偿。经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。
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