公司协商解除劳动合同，工伤员工的赔偿，如果与工伤员工协商一致的，除了支付工伤待遇外，应按员工工龄，一年支付一个月工资的经济补偿金，如果无法协商一致的，用人单位单方解除合同的，应支付违法解除劳动合同的二倍经济补偿金的赔偿金，同时也要支付工伤待遇的。相关依据如下；一、《劳动合同法》第三十六条用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。第四十六条有下列情形之一的，用人单位应当向劳动者支付经济补偿：（一）劳动者依照本法第三十八条规定解除劳动合同的；（二）用人单位依照本法第三十六条规定向劳动者提出解除劳动合同并与劳动者协商一致解除劳动合同的；（三）用人单位依照本法第四十条规定解除劳动合同的；（四）用人单位依照本法第四十一条第一款规定解除劳动合同的；（五）除用人单位维持或者提高劳动合同约定条件续订劳动合同，劳动者不同意续订的情形外，依照本法第四十四条第一项规定终止固定期限劳动合同的；（六）依照本法第四十四条第四项、第五项规定终止劳动合同的。
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如果双方协商一致解除合同，经济补偿按劳动者在本单位工作的年限，每满一年支付一个月工资的标准向劳动者支付。六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，向劳动者支付半个月工资的经济补偿。这里所称的月工资是指劳动者在劳动合同解除或者终止前十二个月的平均工资，按应发工资计算。
劳动合同双方当事人协商一致或不能胜任工作，经过一定的培训或调整到其他岗位，仍不能胜任的。用人单位发给经济补偿金。在本单位工作时间每满一年，发给相当于本人1个月工资的经济补偿金，最多不超过12个月。如果工作时间不满1年，按1年计算。 患病或非因工负伤，医疗期满后，不能从事原工作也不能从事由单位另行安排的工作。除了按上述标准发放经济补偿金，还应发给不低于6个月工资的医疗补助费。如果办理了因病或非因工负伤退休、退职手续，享受了退休、退职待遇的，用人单位不支付其经济补偿金。
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