增值税专用发票认证流程如下:1、远程认证，远程认证是由纳税人自行扫描、识别专用发票抵扣联票面信息，在此过程中将会有电子数据的生成，通过网络传输至税务机关，经过税务机关对其解密以及认证，并将认证结果信息返回给纳税人的认证方式。 2、上门认证 上门认证是指纳税人需要提供增值税专用发票抵扣联等资料，要求纳税人到税务机关的申报征收窗口或者自助办税机进行认证的方式。 3、勾选认证 勾选认证是指符合条件的纳税人通过特定的网址，对升级版增值税开票系统开具给自己的增值税发票信息进行查询，然后通过勾选和确认的形式完成发票认证。 （1）勾选认证实施范围 目前可以适用取消增值税发票认证政策，可以采用勾选认证的纳税人包括：纳税人信用等级在B以上的增值税一般纳税人以及营改增试点被新纳入的增值税一般纳税人。 （2）勾选认证操作方法 上述纳税人取得销售方使用增值税发票系统升级版开具的增值税发票(包括增值税专用发票、货物运输业增值税专用发票、机动车销售统一发票)，扫描认证可以不用再进行，而是通过增值税发票税控开票软件登录各地增值税发票查询平台，可对用于申报抵扣或者出口退税的增值税发票信息进行查询和选择。
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增值税普通发票作废，需要在开票当月，用原开票人身份登录防伪税控系统，进入发票管理模块，然后发票作废，点击需要作废的发票，在弹出对话框提示是否作废发票时，点击确认就可以了。
增值税专用发票作废可以有两个方式：第一，可以通过对增值税专用发票的全部联次注明作废字样或加盖作废戳记来进行作废；第二，可以通过开具红字专用发票来进行作废。如果需要作废的增值税专用发票，在作废了之后，务必要把作废的发票留存以备下次购买发票税务验旧时备查。
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