1、主合同与补充合同主合同一般不会同时产生，会有时间差，主合同成立时间在前，补充合同成立时间在后，这是补充合同产生的时间规律。补充合同是主合同的从属合同，补充合同依附于主合同而成立，没有主合同，就不会产生补充合同，这是主合同与补充合同的基本关系。主合同因为有了补充合同，所以使得主合同原意更准确、更完善、更具有可操作性。补充合同的编号往往是以主合同为依托而表达的，如__号合同补1、补2，这是强调二者主从关系的实质体现。因为有了补充合同这种特殊形式，能够保证双方履约顺利，合同纠纷减少。2、补充合同的效力如下：当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时，应该以时间在后的约定条款为准执行。时间在后的约定，实际上是对主合同的原约定的重新修订，该新约定是补充合同的精要和实质。如果仍以主合同的原条款为准执行，那就失去了补充合同存在的意义。3、补充合同与合同变更补充合同对主合同补充太多的新约定，则该补充合同就难以称之为补充合同了。补充合同对主合同修改得太多，超过了适当的量，或补充合同对主合同的实质要件进行了较大的补充修改。比如对价格条款，技术标准，履约期限等约定进行了不利于其中一方的修改，这也不能称之为补充合同。这些补充和修改已经符合合同变更的要求，应该称之为合同变更。
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主合同和补充合同不一致就以补充协议为准。因为补充协议可以视为合同双方主体对合同的变更协商一致了，不过这个新的约定要明确约定，不能模棱两可。补充协议中都会在尾部写明“不一致的，以补充协议为准。”原合同明示不得变更的条款，补充协议中对该条款发生的变更则不发生法律效力。
补充合同与主合同结算单价不一致的：如果补充合同是当事人依法订立的，以补充合同为准；但主合同如果明确表示结算单价不得变更的，则按照主合同中约定的单价来结算。
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