1.如果主合同已经实际履行,主合同及补充协议均有效。主合同尚未生效,补充协议内容可独立履行的,补充协议有效;不能独立履行的,效力待定。
2.补充合同是主合同的从属合同,补充合同依附于主合同而成立,没有主合同,就不会产生补充合同,这是主合同与补充合同基本关系。当然,主合同因为有了补充合同,所以使得主合同原意更准确、更完善、更具有可操作性。在日常合同管理过程中,正因为有了补充合同这种特殊形式,所以能够保证双方履约顺利,合同纠纷减少。当补充合同的约定与主合同的约定发生矛盾时,应该以时间在后的约定条款为准执行,因为时间在后的约定,实际上是对主合同的原约定的重新修订,该新约定是补充合同的精要和实质,如果仍以主合同的原条款为准执行,那么就失去了补充合同存在的意义。
《民法典》第五百零七条,合同不生效、无效、被撤销或者终止的,不影响合同中有关解决争议方法的条款的效力。