根据法律规定，如果医疗机构不如实提供相关材料或不配合相关调查，导致医疗事故技术鉴定不能进行的，应当承担医疗事故责任。《卫生部关于医疗机构不配合医疗事故技术鉴定所应承担的责任的批复》;一、医疗机构违反《医疗事故处理条例》的有关规定，不如实提供相关材料或不配合相关调查，导致医疗事故技术鉴定不能进行的，应当承担医疗事故责任。患者向卫生行政部门提出判定医疗事故等级及责任程度请求的，卫生行政部门可以委托医学会按照《医疗事故分级标准(试行)》，对患者人身损害的后果进行等级判定，若二级、三级医疗事故无法判定等级的，按同级甲等定。责任程度按照完全责任判定。二、医疗机构无故不参加随机抽取专家库专家的，由负责组织医疗事故技术鉴定工作的医学会向患者说明情况，经患者同意后，由患者和医学会按照有关规定随机抽取鉴定专家进行鉴定。三、医疗机构有上述情形之一，而对判定或者鉴定结论不服，提出医疗事故技术鉴定或者再次鉴定申请的，卫生行政部门不予受理。
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医疗机构不配合医疗事故鉴定的处理：对于不配合的医疗单位，要承担医疗事故的责任。同时，医疗机构对鉴定不服的，不能申请重新鉴定。如果患者在诊疗活动中受到损害并存在相关情况，则属于医疗机构的过错。
医疗机构不配合医疗事故鉴定的情况，对于那些不配合的医疗单位，需要其承担医疗事故责任，同时如果医疗机构对鉴定不服还不能申请重新鉴定。患者在诊疗活动中受到损害，有下列情形之一的，推定医疗机构有过错： （一）违反法律、行政法规、规章以及其他有关诊疗规范的规定； （二）隐匿或者拒绝提供与纠纷有关的病历资料； （三）遗失、伪造、篡改或者违法销毁病历资料。
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