病假扣部分底薪，扣后不低于当地最低工资标准80%的合法。根据《劳动法》第四十七条、劳动部《关于贯彻执行＜中华人民共和国劳动法＞若干问题的意见》（劳部发〔1995〕309号）第59条规定，用人单位职工病假工资，由用人单位按照不低于当地最低工资标准80%依法自主确定支付办法，劳动者请病假，用人单位扣除部分底薪后不低于当地最低工资标准80%符合法律规定。《劳动法》第四十七条用人单位根据本单位的生产经营特点和经济效益，依法自主确定本单位的工资分配方式和工资水平。劳动部《关于贯彻执行＜中华人民共和国劳动法＞若干问题的意见》劳部发〔1995〕309号59．职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期间内由企业按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80％。
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不合法。职工患病或非因工负伤治疗期间，在规定的医疗期间内由企业按有关规定支付其病假工资或疾病救济费，病假工资或疾病救济费可以低于当地最低工资标准支付，但不能低于最低工资标准的80%。由此可知，在病假期间劳动者还是可以领取到工资的，只是可能没有原来的工资那么多，但不能因此就认定为是被扣了工资。如果是在病假期间，用人单位直接扣除工资，属于违法行为，劳动者可以到当地的劳动部门投诉，如投诉还无法解决的，可以到当地的劳动仲裁委员会提起劳动仲裁。
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