关于新农合的报销制度，全国没有统一的规定，各地根据自己的实际情况有不同的规定。以北京市海淀区为例看一下相关规定。 (一)普通参合人员医疗费用报销政策。 年度内多次住院，首次住院医疗费用超出起付线者，再次住院发生费用累计计算，按规定进行补偿。因病住院经批准转院连续住院治疗的，其住院的医药费用累计计算，按规定进行报销，每月结报一次。恶性肿瘤进行放、化疗、肾透析，肝、肾移植(或肝肾联合移植)术后服用抗排异药及儿童再生障碍性贫血和血友病所发生的特殊病种门诊费用，每月结报一次。年度内多次门诊，门诊累积医疗费用超出起付线者，按规定进行报销，具体报销时限由各乡镇自行制定。 镇(乡)新型农村合作医疗经办机构每月的1日至20日内向海淀区新型农村合作医疗管理中心申请复审结算。对于当年12月份发生的医疗费用单据应最迟在次年1月20日前向海淀区新型农村合作医疗管理中心进行申请复审结算。跨年度连续住院的费用，当年12月31日以前含(31日)发生的住院医疗费用和自下一年起发生的住院医疗费用分别进行结算。根据各年度实际缴费情况予以补偿。对于跨年度结算的一次住院费用只计算一次起起付线。 (二)两类特殊人群住院医疗费用补偿政策和流程。 (1)参合农民参加其他商业医疗保险，如先由商业医疗保险按照其标准支付补偿款的，参合患者须向镇(乡)合管办提供商业保险分割单和住院医疗费用全部票据复印件进行报销。若先由新型农村合作医疗报销的，由新农合出具费用分割单，再到商业医疗保险公司报销。新型农村合作医疗补偿款和商业医疗保险补偿款总额不应超过所发生住院医疗总费用。 (2)参加新农合的优抚对象，首先由民政局按照有关政策进行报销，参合患者须向镇(乡)合管办提供民政局出具的优抚对象新型农村合作医疗报销介绍信，新型农村合作医疗对优抚对象经民政局报销后的剩余金额部门按照新农合标准进行报销。
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医疗保险住院报销流程： 1、入院或出院时都必须持医疗保险IC卡到各定点医疗机构医疗保险管理窗口办理出入院登记手续。 住院时个人应预交医疗费2000元，出院结帐后多还少补。未办理住院登记手续前发生的医疗费不得纳入基本医疗保险支付范围。因急诊住院未能及时办理住院登记手续的，应在入院后次日(节假日顺延)凭急诊证明到医疗保险管理窗口补办住院手续，超过时限的其其医疗费自负。 2、参保人员住院后统筹基金的起付线分为三档： 三级医院1000元，二级医院600元，一级医院400元。在一个基本医疗保险结算年度内，多次住院的医疗费累计计算。 3、参保人员因病情需转诊(院)的，须经定点医疗机构(三级以上)副主任医师或科主任诊断后提出转诊(院)意见，由所在单位填报申请表，经定点医疗机构医疗保险管理部门审核同意报市(区)社保机构批准后办理转诊(院)手续。转院限于省特约医院，其费用先由本人垫付，其报销标准要先自负10%，再按本地规定计算可报销金额。 4、在定点医疗机构出院时，各定点医疗机构会按照相关政策计算报销金额和个人应该自付的金额，其报销金额由定点医疗机构和市区社会保险经办机构结算，个人应该自付的金额由定点医疗机构和参保人员本人结算。
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