在质证过程中，税务机关应当从以下三个方面对其余各方当事人提交的证据发表质证意见：(一)对证据关联性的质证证据与被诉行政行为是否具有法律、事实上的关系。(二)对证据合法性的质证1.证据的来源是否合法;2.证据的形式是否合法;3.是否存在影响证据效力的其他违法情形。(三)对证据真实性的质证1.证据的内容是否真实;2.证据是否为原件、原物，复印件、复制件与原件、原物是否一致;3.提供证据的主体或者证人与当事人是否具有利害关系;4.是否存在影响证据真实性的其他情形。税务机关应当发表结论性意见，明确是否认可其余各方当事人提交证据的证明目的。经法庭许可，税务机关可以向证人、鉴定人、勘验人发问，可以申请重新鉴定、调查或者勘验。
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被告对作出的行政行为负有举证责任，应当提供作出该行政行为的证据和所依据的规范性文件。被告不提供或者无正当理由逾期提供证据，视为没有相应证据。一般而言，被告若要证明行政行为的合法性，应从以下五个方面来提供证据： 1.有关主体的证据材料，如果原告对行政主体的职权存在争议的，应该提出有关其职权依据的证据。 2.有关行政程序的证据材料。行政行为合法性的一个重要方面就是程序合法。 3.有关被诉行政行为认定所认定事实的证据材料。主要提供书面决定中已经记载的事实或列入行政案件卷宗被行政主体采纳的事实。 4.自由裁量合理性的证据材料。行政机关对案件的处理往往存在一定的自由裁量空间，没有事实根据的自由裁量往往存在滥用职权问题，因此被告应提供自由裁量合理性的证据材料。 5.有关被诉行政行为所依据的规范性文件。被告向法庭提供大规范性文件，除法律、法规外，还包括规章和规章以下的规范性文件。
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