关于新农合的报销制度全国没有统一的规定各地根据自己的实际情况有不同的规定。以北京市海淀区为例看一下相关规定。(一)普通参合人员医疗费用报销政策。年度内多次住院首次住院医疗费用超出起付线者再次住院发生费用累计计算按规定进行补偿。因病住院经批准转院连续住院治疗的其住院的医药费用累计计算按规定进行报销每月结报一次。恶性肿瘤进行放化疗肾透析肝肾移植(或肝肾联合移植)术后服用抗排异药及儿童再生障碍性贫血和血友病所发生的特殊病种门诊费用每月结报一次。年度内多次门诊门诊累积医疗费用超出起付线者按规定进行报销具体报销时限由各乡镇自行制定。镇(乡)新型农村合作医疗经办机构每月的1日至21日内向海淀区新型农村合作医疗管理中心申请复审结算。对于当年12月份发生的医疗费用单据应最迟在次年1月21日前向海淀区新型农村合作医疗管理中心进行申请复审结算。跨年度连续住院的费用当年12月31日以前含(31日)发生的住院医疗费用和自下一年起发生的住院医疗费用分别进行结算。根据各年度实际缴费情况予以补偿。对于跨年度结算的一次住院费用只计算一次起起付线。(二)两类特殊人群住院医疗费用补偿政策和流程。(1)参合农民参加其他商业医疗保险如先由商业医疗保险按照其标准支付补偿款的参合患者须向镇(乡)合管办提供商业保险分割单和住院医疗费用全部票据复印件进行报销。若先由新型农村合作医疗报销的由新农合出具费用分割单再到商业医疗保险公司报销。新型农村合作医疗补偿款和商业医疗保险补偿款总额不应超过所发生住院医疗总费用。(2)参加新农合的优抚对象首先由民政局按照有关政策进行报销参合患者须向镇(乡)合管办提供民政局出具的优抚对象新型农村合作医疗报销介绍信新型农村合作医疗对优抚对象经民政局报销后的剩余金额部门按照新农合标准进行报
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门诊报销流程 1、参保人员到合作医疗点就医 2、凭处方和检查到门诊住院处缴费，先要自己付款。 3、看病结束后，拿医疗证，身份证，户口本发票到新农合窗口审核，报销，领取报销款。住院报销流程 1、到合作医疗点就医 2、到新农合窗口办理出院登记 3、治疗期间，自己支付治疗费用 4、治疗结束后拿出院证明，住院发票，医疗证，身份证，户口本，到新农合窗口审核，报销并领取报销款。
外地就医的农村合作医疗在参合地医保申请批准后可以报销。在外地住院就医时，需要先向参合地医保提出申请，批准了以后可以报销，否则参合地是不给报销的。参保地批准以后带上住院的病历、住院的发票、费用清单等去报销。
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