法院会根据该小产权房的具体情况以不同的方式处理： 1、对于已被有权机关认定为违法建筑的，不予处理；但违法建筑已经行政程序合法化的，可以对其所有权归属做出处理。 2、对于虽未经行政准建，但长期存在且未受到行政处罚的房屋，可以对其使用权归属做出处理。 3、在仅能处理使用权时，法院会向当事人释明并允许当事人变更相关诉讼请求。在处理相关房屋的使用权时，能分割的进行分割，不能分割的进行折价补偿，房屋折价时可采用竞价方式确定价格。
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小产权房是不能办证的，小产权房也就是宅基地房只能转让使用权，不可买卖，因此不能办证。具体来说，买卖小产权房的双方当事人签订的合同不属于我们国家正式认可的购房合同，无法在房管局办理备案手续，同时，因为不是开发商开发的，因此没有土地使用证和预售许可证，也就不能办理证件。
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