用人单位扣除劳动者工资，需要具体分析，例如，用人单位代扣工资代缴的个人所得税的，属于用人单位扣除工资的正当理由。 工资薪金税前扣除标准： 国家税务总局规定，税务机关应对工资薪金进行合理性确认，具体可按5项原则掌握： 1、企业制订了较为规范的员工工资薪金制度； 2、企业所制订的工资薪金制度符合行业及地区水平； 3、企业在一定时期所发放的工资薪金是相对固定的，工资薪金的调整是有序进行的； 4、企业对实际发放的工资薪金，已依法履行了代扣代缴个人所得税义务； 5、有关工资薪金的安排，不以减少或逃避税款为目的。
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工资薪金税前扣除标准：工资薪金税前要扣除基本养老保险、基本医疗保险、失业保险等社会保险费和住房公积金等；还包括专项附加扣除，有子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息或者住房租金、赡养老人等支出。
个税免征额是 3500，使用超额累进税率的计算方法如下：缴税=全月应纳税所得额X税率-速算扣除数,实发工资=应发工资-四金-缴税。全月应纳税所得额=(应发工资-四金)- 3500，扣除标准：个税按3500元/月的起征标准算。
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