公司制的缺点：1.双重征税，税负成本高 公司制企业能够有效降低风险的同时，也带来一个巨大的问题，即双重征税。公司在盈利后须缴纳企业所得税，股东在取得分红时还需被征收个人所得税。因此，公司赚取的利润分给股东的时候，已经被征收了两道税，税负成本自然高于只需缴纳个人所得税的非公司制组织。 这就是为什么VC、PE等机构都采取非公司制组织形式的原因。想详细了解公司制双重征税的问题，可查看文章： 2.架构复杂，管理成本高 一般来说，公司制组织内部架构比非公司制组织更为复杂。为建立治理结构，公司需设立股东大会、董事会、监事会等。理论上，由于公司并不由股东直接管理，公司制企业的决策效率相对较低，特别是当公司股东较多且产生分歧时，公司甚至会因为长期无法作出有效决策而向法院申请解散。除此之外，公司的成立、日常管理、注销程序等都比非公司制组织复杂，创业者常常为了形式上的琐事四处奔波，浪费宝贵的时间和精力。我们常见的商铺，绝大多数采取个体工商户的形式，这种形式管理最为简单，能与单一的经营业务相匹配，大大降低了创业者的管理成本。
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普通合伙企业的缺点： 1、无限连带责任。无限连带责任可以说是普通合伙企业最大的缺点，当合伙企业的财产不足以清偿债务时，任何一个合伙人都有义务以其个人全部财产对企业债务承担无限清偿责任。哪怕合伙人已经退伙了，他仍然要对退伙前企业的债务承担无限连带责任。而公司股东只以出资额为限对公司债务负责，所以公司需要交纳高额的税款也是有其道理的。 2、继承困难。普通合伙企业是以合伙人为基础设立的企业，合伙人死亡后，其继承人对合伙企业中的财产份额享有合法继承权，但如果继承人想成为合伙人，则需要按照合伙协议的约定或者经全体合伙人一致同意，方可从继承开始之日起，取得该合伙企业的合伙人资格。否则继承人只能继承合伙企业退还的合伙人财产份额。而公司股权则可直接继承，不需要经过他人的同意。 3、普通合伙企业取得的投资收益和所投资企业用未分配利润、盈余公积转增股本，法人合伙人不能如有限公司股东一样，作为税后收益，免征所得税；同时，合伙企业的经营亏损，法人合伙人不能用合伙企业的亏损抵减其营利、在所得税前扣除。 4、普通合伙企业未明确可以作为重组当事人，享受特殊重组递延纳税优惠。 5、普通合伙企业以非货币资产对外投资确认的非货币性资产转让所得，不能如居民企业可在不超过5年期限内，分期均匀计入相应年度的应纳税所得额，按规定计算缴纳企业所得税。
有限合伙公司的优点是有限合伙人以其认缴的出资额为限对合伙企业债务承担责任，使合伙人可以不用承担无限连带责任；有限合伙公司的缺点是有限合伙人不能参与事务管理。
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