医疗技术鉴定机构也分为民间鉴定机构、行政鉴定机构、司法鉴定机构。民间鉴定机构主要由医学、法律院校设立，也有一些独立的社会鉴定机构。行政鉴定机构主要是指医学会，是《医疗事故处理条例》这一行政法规指定的行政鉴定机构。司法鉴定机构主要是法院依法设立的专门从事司法鉴定的机构。这种划分是以目前从事何种鉴定为主业为标准，民间检定机构及行政鉴定机构也可受法院委托从事司法鉴定。也有些司法鉴定机构办理非诉讼鉴定案件。各种鉴定机构各有利弊。民间鉴定机构作为纯市场主体，其优点是服务意识较强，委托人或许能有一点“上帝”感，其缺点在于片面性，结论不易被采信。医学会的优势在于医疗技术力量雄厚，其劣势在于同行情结与法律欠缺，其缺点在行政处理时还能被掩盖，但受法院委托从事司法鉴定时总难免暴露出来。医学会鉴定多数时候显得同行相护，个别情况同行相侵;鉴定人不署名、不出庭使鉴定结论作为证据具有致命的程序缺陷;鉴定结论总是注重是否医疗事故，对案件来说往往答非所问。司法鉴定的优势在于中立性强，与案件处理的协调性强，缺点在于医疗技术力量不充分，常常需要聘请专家，费用较大，否则可能因技术不全面而影响鉴定的科学性。医疗纠纷发生后，选择医疗技术鉴定机构需要高度重视，与案件的处理的最终结果息息相关。鉴定机构的中立性与专业水平是最重要的考虑因素，但中立性更应优先考虑。
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根据《医疗事故处理条例》第二十一条，设区的市级地方医学会和省、自治区、直辖市直接管辖的县(市)地方医学会负责组织首次医疗事故技术鉴定工作。省、自治区、直辖市地方医学会负责组织再次鉴定工作。必要时，中华医学会可以组织疑难、复杂并在全国有重大影响的医疗事故争议的技术鉴定工作。
医疗事故可以申请到当地的卫生行政部门进行鉴定，具体的医疗事故鉴定程序为：1、患者的家属提出有关于医疗事故的争议；2、患者的家属向卫生行政部门申请医疗事故技术鉴定；3、卫生行政部门接到医疗事故鉴定书后，根据鉴定结果，首先双方可以自行协商赔偿。
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