医疗技术鉴定机构也分为民间鉴定机构、行政鉴定机构、司法鉴定机构。民间鉴定机构主要由医学、法律院校设立，也有一些独立的社会鉴定机构。行政鉴定机构主要是指医学会，是《医疗事故处理条例》这一行政法规指定的行政鉴定机构。司法鉴定机构主要是法院依法设立的专门从事司法鉴定的机构。这种划分是以目前从事何种鉴定为主业为标准，民间检定机构及行政鉴定机构也可受法院委托从事司法鉴定。也有些司法鉴定机构办理非诉讼鉴定案件。各种鉴定机构各有利弊。民间鉴定机构作为纯市场主体，其优点是服务意识较强，委托人或许能有一点“上帝”感，其缺点在于片面性，结论不易被采信。医学会的优势在于医疗技术力量雄厚，其劣势在于同行情结与法律欠缺，其缺点在行政处理时还能被掩盖，但受法院委托从事司法鉴定时总难免暴露出来。医学会鉴定多数时候显得同行相护，个别情况同行相侵;鉴定人不署名、不出庭使鉴定结论作为证据具有致命的程序缺陷;鉴定结论总是注重是否医疗事故，对案件来说往往答非所问。司法鉴定的优势在于中立性强，与案件处理的协调性强，缺点在于医疗技术力量不充分，常常需要聘请专家，费用较大，否则可能因技术不全面而影响鉴定的科学性。医疗纠纷发生后，选择医疗技术鉴定机构需要高度重视，与案件的处理的最终结果息息相关。鉴定机构的中立性与专业水平是最重要的考虑因素，但中立性更应优先考虑。
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设区的市级地方医学会和省、自治区、直辖市直接管辖的县(市)地方医学会负责组织首次医疗事故技术鉴定工作。省、自治区、直辖市地方医学会负责组织再次鉴定工作。
医疗事故鉴定分为三种情况： 1、医患双方共同委托鉴定的由当地医学会组织医疗事故鉴定。 2、卫生行政部门组织鉴定的由医学会组织鉴定。 3、起诉之后法院要求鉴定的，法院委托机构鉴定。 受理部门： (一)市受理医疗事故鉴定的有：市、县级市、医疗事故技术鉴定委员会(以下简称鉴定委员会)。 (二)市、县级市鉴定委员会负责受理辖区内医疗事故或事件的鉴定，其日常工作由同级卫生局医政部门承担。 (三)市鉴定委员会负责受理对县级市鉴定委员会鉴定结论不服而要求重新鉴定的案件，以及市市范围内医疗机构医疗事故或事件的鉴定，其日常工作由市卫生局医政处承担。
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