解除劳动合同经济补偿金应纳税款可以与当月工资应纳税款一并代扣代缴。 劳动合同解除或者终止，用人单位应当支付的经济补偿金，其收入在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税。超过的部分，可视为一次取得数月的工资、薪金收入，允许在一定期限内进行平均。具体平均办法为：以个人取得的一次性经济补偿收入，除以个人在本企业的工作年限数，以其商数作为个人的月工资、薪金收入，按照税法规定计算缴纳个人所得税，由支付单位在支付时一次性代扣代缴。个人在本企业的工作年限数按实际工作年限数计算，超过12年的按12计算。 用人单位在解除合同时，与经济补偿金同时结算当月工资的，当月工资按照税法的规定，应当缴纳个人所得税的，可以与经济补偿金税款一并代扣代缴。
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员工离职得到的经济补偿金个人所得税在当地上年职工平均工资3倍数额以内的部分，免征个人所得税；超过的部分按照《个人所得税法》计算。（应纳税额/工作年限-免征额）*适用税率-速算扣除数=经济补偿金应缴纳的个人所得税。
用人单位应在解除或终止劳动合同时一次付清劳动者工资。用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。用人单位应当支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。
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