按规定是公司不能全扣员工工资，要是员工工资被全扣了，那么公司也就是违规的。公司不仅不能把员工工资全扣了，每月扣减的工资的也不得超过员工当月工资的20%，并且扣减后的工资不得低于当地最低工资标准。要是扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，就按最低工资标准支付。若公司违规克扣工资，可按照劳动争议解决办法处理，具体有如下：1、与用人单位就劳动纠纷问题直接进行协商。2、可自愿选择调解，主要是去找劳动纠纷调解委员会申请调解，当然还可以去法院申请调解等。注意的是，调解协议不具有强制执行力，如果一方反悔，同样还是可以向仲裁机构申请仲裁。3、去申请仲裁，将纠纷提交劳动争议仲裁委员会进行处理。4、要是你在经过劳动仲裁都不能解决你工资被扣的问题，那么现在最好就要收集相关证据积极去法院起诉。必须得先经过劳动仲裁，对仲裁裁决不服的人才能接着去法院起诉。
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员工辞职如果单位克扣工资，员工可以选择双方自行协商解决，当事人在自愿的基础上进行协商，达成协议。 协商不成或者双方不愿自行协商的，可以进行调解，双方也可请愿申请企业调解委员会调解，对调解达成的协议自觉履行。 调解不成的可以申请仲裁。当事人也可直接申请仲裁。 另外，劳动者权益受到用人单位或非法职业中介机构等侵害时，还可以向劳动保障监察机构进行投诉处理。
第一，与公司协商或介入第三人与公司协商；第二，可以申请劳动争议仲裁；第三，当事人对发生法律效力的调解书、裁决书，应当依照规定的期限履行。一方当事人逾期不履行的，一方当事人可以依照民事诉讼法的有关规定向人民法院申请执行。
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