关于新农合的报销制度，全国没有统一的规定，各地根据自己的实际情况有不同的规定。以北京市海淀区为例看一下相关规定。 (一)普通参合人员医疗费用报销政策。年度内多次住院，首次住院医疗费用超出起付线者，再次住院发生费用累计计算，按规定进行补偿。因病住院经批准转院连续住院治疗的，其住院的医药费用累计计算，按规定进行报销，每月结报一次。恶性肿瘤进行放、化疗、肾透析，肝、肾移植(或肝肾联合移植)术后服用抗排异药及儿童再生障碍性贫血和血友病所发生的特殊病种门诊费用，每月结报一次。年度内多次门诊，门诊累积医疗费用超出起付线者，按规定进行报销，具体报销时限由各乡镇自行制定。镇(乡)新型农村合作医疗经办机构每月的1日至20日内向海淀区新型农村合作医疗管理中心申请复审结算。对于当年12月份发生的医疗费用单据应最迟在次年1月20日前向海淀区新型农村合作医疗管理中心进行申请复审结算。跨年度连续住院的费用，当年12月31日以前含(31日)发生的住院医疗费用和自下一年起发生的住院医疗费用分别进行结算。根据各年度实际缴费情况予以补偿。对于跨年度结算的一次住院费用只计算一次起起付线。 (二)两类特殊人群住院医疗费用补偿政策和流程。 (1)参合农民参加其他商业医疗保险，如先由商业医疗保险按照其标准支付补偿款的，参合患者须向镇(乡)合管办提供商业保险分割单和住院医疗费用全部票据复印件进行报销。若先由新型农村合作医疗报销的，由新农合出具费用分割单，再到商业医疗保险公司报销。新型农村合作医疗补偿款和商业医疗保险补偿款总额不应超过所发生住院医疗总费用。 (2)参加新农合的优抚对象，首先由民政局按照有关政策进行报销，参合患者须向镇(乡)合管办提供民政局出具的优抚对象新型农村合作医疗报销介绍信，新型农村合作医疗对优抚对象经民政局报销后的剩余金额部门按照新农合标准进行报销。
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一、农村合作医疗报销流程 1、参保者出院之后将住院发票、费用清单、出院记录和身份证将交到本乡镇合管所； 2、乡镇合管所经过审核之后，会将符合条件的申请送到市农保业务管理中心； 3、报销医疗费用将会转入参保人指定账户中。 二、农村合作医疗报销资料 1、参加了新型农村合作医疗保险的患者可凭本人有效证件、医疗卡，经确认身份后，在区内乡镇级普通门诊定点医疗机构可直接刷卡报销，在区内及区外市内定点医疗机构住院，出院结帐时可直接刷卡报销。 2、在市外2级及2级以上公立医院住院治疗的参保患者，应在出院后的3个月内，由参保人或其家属带医疗费用原始发票、住院医疗费用汇总明细清单、出院小结、门诊病历、医疗卡、患者身份证、户口簿、经办人身份证到区行政服务中心新农合窗口报销医药费用。 3、特殊病种门诊报销可持2级及2级以上定点医疗机构出具的病例以及相关检查、化验报告、医疗机构证明书等资料以及《新型农村合作医疗特殊病种门诊治疗审批表》向新农合业管中心提出申请，经审核批准后，其门诊医药费用可以列入新农合基金的报销范围，可按照住院报销标准以年度为单位进行报销。 4、因意外伤害的住院患者，出院后需要提交有户口所在村(居)签字盖章的意外伤害引发的原因确认证明以及医院的病案记录。对于无法提供有效证明及记录的，不予受理。一旦经过新农合调查、审核之后，一旦属实则予以报销。如果责任是由第三方负责的，是不予报销的。
第一诊断或主要诊断患有儿童白血病（0-14周岁）、儿童先天性心脏病（0-14周岁）、终末期肾病、乳腺癌、宫颈癌、重性精神疾病、耐多药肺结核、艾滋病机会性感染、肺癌、食道癌、胃癌、结肠癌、直肠癌、慢性粒细胞白血病、急性心肌梗塞、脑梗死、血友病、型糖尿病、甲亢、唇腭裂、BH4缺乏症、危重孕产妇等22类重大疾病，其住院和大病门诊医疗费用，经新农合报销后，新农合报销政策范围内个人自负费用年度累计3000元以上（含3000元）部分和政策范围外个人自负费用年度累计3000元以上（含3000元）部分。 除上述22类重大疾病外，当年度住院和大病门诊医疗费用，经报销后个人自负费用年度累计2万元以上（含2万元）部分和政策范围外个人自负费用年度累计4万元以上（含4万元）部分。
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