土地增值税清算一般有两种计算方法，下面分别称为甲计算法和乙计算法。这两种方法纳税人不能任意选用，但不同的计算方法和计算口径，给纳税人带来的税负却不同。甲计算法，指在同一个房地产开发项目中，先按普通住宅、非普通住宅、门面房、车库和其他房开产品等，单独采用房开产品销售收入比例或房开产品定额成本比例或其他合理方法，分别计算各房开产品的增值额与扣除项目金额，据以计算各房开产品应纳的土地增值税。持甲计算法观点的纳税人，依据是《国家税务总局关于房地产开发企业土地增值税清算管理有关问题的通知》（国税发〔2006〕187号）规定，土地增值税以国家有关部门审批的房地产开发项目为单位进行计算，对于分期开发的项目，以分期项目为单位进行清算。开发项目中同时包含普通住宅和非普通住宅的，应分别计算增值额。乙计算法，指在同一个房地产开发项目中，以国家有关部门审批的房地产开发项目（包括普通住宅、非普通住宅、门面房、车库和其他房开产品等）为单位，先统一核算该房地产开发项目的增值额与扣除项目金额。然后再按房开产品销售收入比例或房开产品定额成本比例或其他合理方法，在普通住宅、非普通住宅、门面房和车库等其他房开产品中分配增值额与扣除项目金额，据以计算各房开产品应纳的土地增值税。持乙计算法观点的纳税人，依据是增值税暂行条例实施细则第八条“土地增值税以纳税人房地产成本核算的最基本的核算项目或核算对象为单位计算”的规定。
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土地增值税两种计算方法：土地增值税是不受物业的年限限制，只要是豪宅物业有增值便适用此规定，“如果有购房发票但无增值者可免征增值税”。计算土地增值税，分为无购房发票与有发票两种。 第一种方法为：无购房发票的按照房管局评估价总额的3%。 第二种方法为：有发票的征收方法，其税率为： 1.增值额未超过50%的征收增值额的30%; 2.增值额为50%～100%的征收增值额的40%; 3.增值额为100%～200%的征收增值额的50%; 4.增值额超过扣除项目金额200%以上的征收增值额的60%。
纳税人进行土地增值税清算的条件依法如下：1、房地产开发项目全部竣工、完成销售；2、整体转让未竣工决算房地产开发项目；3、直接转让土地使用权。土地增值税清算指的是，纳税人符合以上条件之一时，依照相关政策规定，计算房地产开发项目应缴纳的土地增值税税额，并结清相应税款的行为。
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