具体看是什么纠纷，如果对使用权没有异议的土地纠纷，对土地确权办证并没有影响，可以直接起诉至人民法院进行判决；如果是土地使用权的争议纠纷，则需由地方国土资源行政主管部门进行调查处决后再进行确权颁证。根据《土地权属争议调查处理办法》第十四条的规定下列案件不作为争议案件受理：（一）土地侵权案件；（二）行政区域边界争议案件；（三）土地违法案件；（四）农村土地承包经营权争议案件；（五）其他不作为土地权属争议的案件。第二十条国土资源行政主管部门在调查处理争议案件时，应当审查双方当事人提供的有关证据材料：（一）人民政府颁发的确定土地权属的凭证；（二）人民政府或者主管部门批准征收、划拨、出让或者以其他方式批准使用土地的文件；（三）争议双方当事人依法达成的书面协议；（四）人民政府或者司法机关处理争议的文件或者附图；（五）其他有关证明文件。第二十一条对当事人提供的证据材料，国土资源行政主管部门应当查证属实，方可作为认定事实的依据。第二十二条在土地所有权和使用权争议解决之前，任何一方不得改变土地利用的现状。第三十一条当事人对人民政府作出的处理决定不服的，可以依法行申请政复议或者提起行政诉讼。在规定的时间内，当事人既不申请政复议，也不提起行政诉讼，处理决定即发生法律效力。生效的处理决定是土地登记的依据。
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建议双方当事人先通过协商自行解决争议，如果争议各方达成一致意见则协商成功，如果协商不成或者协商达成了协议而另一方又反悔，不履行协议，他方可以依照本条的规定提请乡（镇）人民政府等调解解决，人民政府收到争议案件后，一般是对当事人先进行调解，调解不成的进行行政裁决。其中人民政府的调解是依据事实和法律对当事人进行调停，促使争议各方当事人进行和解。如果调解不成或者当事人不愿意进行调解，人民政府则依法进行裁决。一般来讲，具体工作由土地行政主管部门承办，但作出处理决定须以人民政府的名义并出具处理决定书。该决定书须加盖人民政府处理土地所有权和使用权争议的专用章。当事人对有关人民政府的处理决定不服的，可以自接到处理决定通知之日起三十日内，向人民法院起诉。 一般而言，村土地确权有纠纷时，政府有具体的处理流程为： （1）向县级以上人民政府土地管理部门或者乡级人民政府提出书面申请; （2）双方当事人出示举证的材料和依据; （3）工作人员现场调查材料和取证; （4）组织双方当事人进行调解，制作书面调解书; （5）调解未达成协议的，或者调节书送达前一方或者双方反悔的，土地管理部门及时提出处理意见，报人民政府错处处理决定。
土地确权证发下来后的纠纷问题：如果侵犯到已经确定的自然资源所有权或使用权的，可以协商解决，但应当复议前置，不属于侵犯到已经确定的自然资源确权纠纷的，可以自治选择纠纷解决机制。
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