医院实行成本核算，包括医疗成本核算和药品成本核算。成本费用分为直接费用和间接费用。（一）直接费用，即医院在开展业务活动中可以直接计入医疗支出或药品支出的费用。包括医疗科室和药品部门开支的基本工资、补助工资、其他工资、职工福利费、社会保障费、公务费、业务费、卫生材料费、药品费、修缮费、购置费和其他费用。辅助科室中能明确为医疗或药品服务的科室或班组的费用支出，如一般医院的营养食堂、洗衣房等的支出，基本上是为医疗业务服务的，可直接计入医疗支出。提取修购基金应按固定资产使用部门分别计入医疗支出、药品支出。（二）间接费用，即不能直接计入医疗支出或药品支出的管理费用。包括医院行政管理部门和后勤部门发生的各项支出，以及职工教育费、咨询诉讼费、坏账准备、科研费、报刊杂志费、租赁费、无形资产摊销、利息支出、银行手续费、汇兑损益等。间接费用按医疗科室和药品部门的人员比例进行分摊，并按支出明细项目逐项进行分配。
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1、门诊：直接在卫生院(所)记帐，患者本人或家属在处方上签名，但超过家庭帐户金额后自付。 2、住院：本乡住院，直接在乡卫生院出院时核报，150元为起付线，线内自付，超过起付后按75%核报。患者或家属在处方上签名，医院在医疗证上登记。患者可要求医院尽量使用可报药品，医院用药每张处方不可报药费应控制在15%以内。县级医院就诊，应办好转院手续，在出院时直接在医院核报，350元为起付线，起付线内自付，起付线上按60%核报。在县以上或县外医院经县农医局批准的住院治疗，应带好以下资料到乡农医所核报：《合作医疗证》、住院发票原件(复印件无效)、出院小结、处方复写件、各种检查报告的复写件(或复印件)、住院费用一日清单、转诊转院证明、《户口簿》及个人有效身份证明件。700元为起付线，起付线上按40%核报。住院补偿封顶线为20000万元。 3、门诊大病(慢性病是指：重症糖尿病、肿瘤、慢性肾功能衰竭、尿毒症透析、肾移植后服抗排异药物)需长期治疗的，可凭县级定点机构的检查、化验报告和诊断证明，经县农医局批准后，到指定医疗定点医疗机构就诊，可纳入门诊大病统筹报销，医疗费先由个人垫付，全年累计300元起补，500元以下补10%，501-1000元补20%，1001以上补30%，每人年1000元封顶，结核病、皮肤病在县疾控中心门诊发生的费用参照此执行，(住院的按住院标准补)。医疗报销的政策，可以帮助一些家庭减轻一定的医疗负担，在我们进行使用合作医疗报销的时候，首先要注意有一些项目和药物是无法进行报销的，而且，我们在进行报销的时候，对于农村合作医疗来说，有时候是有一定的医疗机构的限制的，我们要到制定的医疗机构进行就医才可以。
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