扣除应由个人缴纳的三险一金后，超过3500元的部分，应当缴纳个人所得税。按《个人所得税法》和国务院《个人所得税实施条例》规定，职工工资薪金所得，扣除应由个人缴纳的社会保险费和住房公积金，减除费用3500元后，适用超额累进税率，缴纳个人所得税。职工应纳个人所得税税额=应纳税所得额×适用税率-速算扣除数=（扣除三险一金后月收入-扣除标准）×适用税率-速算扣除数。《个人所得税法》第二条下列各项个人所得，应纳个人所得税：一、工资、薪金所得；第三条个人所得税的税率：一、工资、薪金所得，适用超额累进税率，税率为百分之三至百分之四十五（税率表附后）。第六条应纳税所得额的计算：一、工资、薪金所得，以每月收入额减除费用三千五百元后的余额，为应纳税所得额。国务院《个人所得税法实施条例》第二十五条按照国家规定，单位为个人缴付和个人缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金，从纳税义务人的应纳税所得额中扣除。
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不包含企业承担的五险一金，但包含个人承担的五险一金的费用，因为个人承担的这部分五险一金费用也属于公司发放出去的工资。个人所得税是调整征税机关与自然人(居民、非居民人)之间在个人所得税的征纳与管理过程中所发生的社会关系的法律规范的总称。
个人所得税起征点不包括五险一金。个人所得税，以所得人为纳税义务人，以支付所得的单位或者个人为代扣义务人。扣缴义务人应当按照国家规定办理全员全额扣缴申报。基本减除费用标准拟确定为每年6万元，即每月5000元，3%到45%的新税率级距不变。
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