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根据《财政部、国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》的规定，转让土地使用权应当按照销售无形资产-自然资源使用权（土地使用权）缴纳增值税，税率为11%，征收率为3%。但营改增后转让土地使用权，区分营改增取得和营改增后取得，并且在房地产企业和非房地产企业也有所区别。 2016年4月30日前取得的土地使用权，不论是一般纳税人还是小规模纳税人，不论是房地产企业还是非房地产企业，均可以选择适用简易计税方法，并且可差额缴纳增值税，即以取得的全部价款和价外费用减去取得该土地使用权原价后的余额为销售额，按照5%的征收率计算缴纳增值税。纳税人不选择差额计税的，则应当按取得的全部价款和价外费用按照3%征收率计算缴纳增值税。
土地使用权出让增值税增加税率的计算方法为：应交增值税=（总价及价差费用-土地使用权原价）/（15%）乘以5%。纳税人转让2016年4月30日前取得的土地使用权的，可以选择适用简易计税方法。以总价和价差费用减去土地使用权原价后的余额作为销售金额，按5%的征收率计算缴纳增值税。
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