员工在交通事故的工伤中，应该由责任方进行赔偿。根据地方规定，在责任方赔偿之后，不足工伤赔偿标准的部分，应该申请工伤待遇审核由工伤保险基金和单位补齐。 社保基金支付工伤待遇审核需要递交有：工伤及职业病认定书复印件一份；劳动能力鉴定书一份或医疗终结鉴定表一份；医疗发票、住院总费用清单；门诊病历及出院小结复印件；转入账户；身份证复印件一份。 单位支付的工资按月支付，如有伤残者，与单位解除劳动关系时协商支付。如果员工和单位因为工伤赔偿问题出现纠纷，可以申请劳动仲裁进行维权。 依据《社会保险法》 第三十八条因工伤发生的下列费用，按照国家规定从工伤保险基金中支付： （一）治疗工伤的医疗费用和康复费用； （二）住院伙食补助费； （三）到统筹地区以外就医的交通食宿费； （四）安装配置伤残辅助器具所需费用； （五）生活不能自理的，经劳动能力鉴定委员会确认的生活护理费； （六）一次性伤残补助金和一至四级伤残职工按月领取的伤残津贴； （七）终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性医疗补助金； （八）因工死亡的，其遗属领取的丧葬补助金、供养亲属抚恤金和因工死亡补助金； （九）劳动能力鉴定费。 第三十九条因工伤发生的下列费用，按照国家规定由用人单位支付： （一）治疗工伤期间的工资福利； （二）五级、六级伤残职工按月领取的伤残津贴； （三）终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性伤残就业补助金。 第四十二条由于第三人的原因造成工伤，第三人不支付工伤医疗费用或者无法确定第三人的，由工伤保险基金先行支付。工伤保险基金先行支付后，有权向第三人追偿。
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在第三人侵权引起工伤事故的情形下，会产生两种赔偿请求权，一是工伤职工的工伤保险赔偿请求权，二是工伤职工向第三人提起的侵权损害赔偿请求权。两种请求权的权利基础和归责原则不同，工伤赔偿请求权基础是劳动者因发生工伤事故获得的一种社会保险利益，工伤保险损害赔偿实行无过错责任原则，有社会保险性质;而第三人侵权损害赔偿请求权基础是劳动者因第三人侵权致害而取得，侵权损害赔偿实行的是民法的填平原则、过错原则和过失相抵原则，侵权损害赔偿的损失包括财产性损失及非财产性损失，其性质属于私法领域的赔偿。 故在劳动者人身权受到第三人侵害的同时又被劳动行政部门认定为工伤的，如劳动者分别提起侵权损害赔偿之诉及申请工伤保险赔偿仲裁的，对于侵权损害赔偿的请求和不服工伤保险赔偿仲裁裁决提出的请求，法院应分别依法作出判决。同时，用人单位或工伤保险经办机构在履行了相应赔偿义务后，可就劳动者已实际获得的莺复的赔偿部分取得追偿权。 此外，法院应在判决书中明确用人单位或工伤保险经办机构享有的追偿权和侵权损害赔偿或工伤保险赔偿各重复赔偿项目的具体数额。
单位购买工伤保险后发生工伤事故，用人单位应当支付以下工伤赔偿项目：五级、六级伤残职工按月领取的伤残津贴；治疗工伤期间的工资福利；终止或者解除劳动合同时，应当享受的一次性伤残就业补助金。用人单位未购买工伤保险的，支付劳动者应当享受的工伤保险待遇。
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