专利和版权分属不同的知识产权，但保护的侧重点有所不同，版权保护的是软件的源代码序列及运行过程中的文档。专利保护的是软件的运作方法。版权要求具有独创性就能够享有，而专利要求具有新颖性和创造性。如果你们的软件的运行过程已经完全公开，那么依该软件申请的专利很可能就没有新颖性而不予授权。因此你们可以在专利审查过程中提出审查建议，但审查建议不是法定程序，不一定被审查员所采纳。另外还可以等授权后对其宣告无效。 不过如果申请专利的公司与你公司没有关系，目前也不能起诉，只能提建议或者提出无效宣告。
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软件著作权和专利的区别如下：定义不同。软件著作权是指软件的开发者或者其他权利人依据有关著作权法律的规定，对于软件作品所享有的各项专有权利。专利是由政府机关或者代表若干国家的区域性组织根据申请而颁发的一种文件。保护的形式不同。软著是对作品的外在表现形式进行保护；专利是对技术的功能、性能等进行保护。获取的难度不同。
软件著作权和专利的区别主要表现为： 1、产生条件不同，软件著作权自软件完成时自动产生，而专利权需经依法申请后获得； 2、保护对象不同，软件著作权保护的是开发者独立开发，并已固定在某种有形物体上的软件，而专利权保护对象为发明、实用新型和外观设计。
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