专利和版权分属不同的知识产权，但保护的侧重点有所不同，版权保护的是软件的源代码序列及运行过程中的文档。专利保护的是软件的运作方法。版权要求具有独创性就能够享有，而专利要求具有新颖性和创造性。如果你们的软件的运行过程已经完全公开，那么依该软件申请的专利很可能就没有新颖性而不予授权。因此你们可以在专利审查过程中提出审查建议，但审查建议不是法定程序，不一定被审查员所采纳。另外还可以等授权后对其宣告无效。 不过如果申请专利的公司与你公司没有关系，目前也不能起诉，只能提建议或者提出无效宣告。
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软件著作权和专利的区别主要表现为： 1、产生条件不同，软件著作权自软件完成时自动产生，而专利权需经依法申请后获得； 2、保护对象不同，软件著作权保护的是开发者独立开发，并已固定在某种有形物体上的软件，而专利权保护对象为发明、实用新型和外观设计。
著作权和专利权的区别。第一，保护对象不一致，著作权保护的是作品，专利权保护的是发明创造；第二，保护条件和要求不一致，著作权保护的作品只需要独创性，而专利权不允许保护主题一样的两个发明创造；第三，权利产生形式不一致，著作权是自动产生，专利权需要到国家行政机关申请；第四，保护期限不一致，著作权一般是作者有生之年加上死后的50年，专利权自申请之日起发明专利为20年，外观设计和实用新型为10年。
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