土地纠纷的实质是土地权属纠纷，即是指对土地所有权和使用权的争议。它包括农地、山地、草原、水域等因所有权、使用权受到侵害而引起的争执。权属纠纷发生的原因很多，主要是由于地界不清、土地权属紊乱、政策和体制的变更，以及其他历史遗留问题等。 (一)土改、合作化时留下来的土地权属未定，地界无明显的标志或土地证上规定得不够明确。 (二)公社化时期体制调整，新划地界不清或调整不合理，协议书订得不明确。 (三)因过去无偿占有或平调而变动的土地。 (四)因历年集体搞水利建设、平整土地造成地界变更，土地原有状况或新队之间归并，原有田界铲除，无原始记载，现在恢复乡村原建制无历史依据可查考的土地。 (五)因行政区划变更，原社队之间、社队与国有土地之间因插花地互越地界以致地界不清的土地。 (六)因移民开荒，侵占他队的荒山、荒坡、荒地和原权属不清的公共土地。 (七)因其他各种历史原因遗留下来的土地瓜葛问题。 (八)因土地的征用、承包等引起的所有权和使用权的变更而产生的权属争议等。 (九)乡镇集体企业建设用地，由于过去没有具体规定，需要重新给予核定。 (十)乡村公共事业或公益事业占有的土地，过去没有给过补偿，群众后来提出要补偿等问题。 (十一)1950年无偿划拨的荒山、荒坡、荒地等，当时未计算面积，并无规定地界，几经变迁，从而引起地权、地界的争议。 (十二)有的单位征用土地的证据遗失，无据可查，从而引起的土地争议。 (十三)农民使用的宅基地，因地界不清，从而引起的土地争议及城镇个人因地界不清引起的土地权属争议。 (十四)企业与企业之间因土地权属不清引起的土地属争议。
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土地权属纠纷指的是因土地的所有权和使用权的归属而引起的纠纷。土地所有人及使用国有土地和集体土地的单位和个人，均可以成为权属争议的当事人，涉及争议双方的利益，情况复杂，政策性强。
二者区别如下： 1、土地侵权纠纷是在土地权属已经确定的情况下发生的侵犯土地权利行为而引起的纠纷；土地权属纠纷是土地权属不明导致的纠纷。 2、土地权属争议以确定土地的权利归属为处理结果；而土地侵权行为适用民法中一般侵权行为的规定，侵权人应退还土地。 3、在侵权纠纷中，被侵权人对行政调处不服的，应以侵权人为被告提起民事诉讼。 而对土地权属争议的政府处理不服的，应以处理争议的政府为被告，提起行政诉讼。
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