拆迁有抵押权的房屋如何补偿迁设有抵押权的房屋，抵押人与抵押权人应当按《上海市房地产抵押办法》的规定，就抵押权及其所担保债权的处理问题进行协商，并向拆迁人提交有关书面协议后，被拆迁人方可取得补偿款或者安置房屋。抵押人和抵押权人达不成协议的，拆迁人应当对被拆迁人实行货币补偿，并将补偿款向公证机关办理提存。
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处理拆迁抵押房屋纠纷的方式是：1.采用货币补偿的方式操作，应当先由抵押权人和抵押人协商重新设立抵押权或者先偿还债务，使抵押房屋原有的抵押权消失，被拆迁人方能向拆迁人领取补偿金；2.采用产权调换方式的操作，抵押人和抵押权人应当就产权调换后的房屋作为房屋抵押物而重新签订抵押合同。
拆迁已设定抵押的房屋的处理方式如下：债务人首先可以和债权人协商，以拆迁补偿金提前偿还债权人，或将补偿金向公证处提存；抵押权人也有权请求法院对补偿金采取保全措施；采取房屋产权调换的方式补偿的，债权人和被拆迁人可以重新订立抵押合同。
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