不合法。无论以什么形式解除或终止劳动关系，单位都没有权利扣押劳动者的档案。根据国家劳动部、国家档案局在《企业职工档案管理工作规定》的规定：职工调动、辞职、解除劳动合同或被开除、辞退等，应由职工所在单位在一个月内将其档案转交其新的工作单位或其户口所在地的街道劳动（组织人事）部门。同时规定，转递档案应遵守下列规定：（一）通过机要交通或派专人送取，不准邮寄或交本人自带。（二）对转出的档案，必须按统一规定的“企业职工档案转递通知单”的项目登记，并密封包装。（三）对转出的材料，不得扣留或分批转出。（四）接收单位收到档案经核对无误后，应在回执上签名盖章，并将回执立即退回，逾期一个月转出单位未收到回执应及时询问，以防丢失。因此，即使员工在离职过程中有违约行为，单位也不能以任何理由扣押档案。虽然档案问题不属于《劳动法》上的问题，因档案问题发生争议无法提起劳动仲裁或诉讼，但是，根据劳动部办公厅1994年的精神，与单位解除劳动合同后，如果单位不移交档案给职工造成损失的，可以按劳动争议提交仲裁，由单位给予赔偿。如果发生单位扣押个人档案的情况，也可以向劳动行政部门和国家有关档案管理部门反映，通过行政的办法获得解决。
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