用人单位在解除劳动合同扣押劳动者档案，是违法行为。劳动者可以依法主张权利，仅因为扣押劳动者的档案要求赔偿没有法律支持，但因为用人单位的行为而为劳动者造成了损失，则可以主张损失赔偿。《劳动合同法》第五十条用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。用人单位对已经解除或者终止的劳动合同的文本，至少保存二年备查。第八十四条用人单位违反本法规定，扣押劳动者居民身份证等证件的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并依照有关法律规定给予处罚。用人单位违反本法规定，以担保或者其他名义向劳动者收取财物的，由劳动行政部门责令限期退还劳动者本人，并以每人五百元以上二千元以下的标准处以罚款；给劳动者造成损害的，应当承担赔偿责任。劳动者依法解除或者终止劳动合同，用人单位扣押劳动者档案或者其他物品的，依照前款规定处罚。
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从严格的法律意义上讲，被公安机关采取措施，不能够认定为被追究刑事责任，因为，公安机关采取措施，并不一定完全认定职工有罪，只有在被法院依法判决有罪并且判决生效后，才可以认定职工依法被追究刑事责任。故以劳动者被追究刑事责任，解除劳动合同的，必须有被人民检察院免予起诉的、被人民法院判处处罚的、被人民法院依据刑法第三十二条免予刑事处分的才能够依据《劳动合同法》第三十九条与劳动者解除劳动合同。 根据上述法律规定，相关员工已被生效判决书确定构成犯罪，属于《劳动合同法》第三十九条“被依法追究刑事责任的”用人单位可以解除劳动合同的情形，故公司可解除与涉案的相关员工的劳动关系，但应结清工资。
单位单方变更劳动合同,属于用人单位违反《劳动合同法》规定，劳动者可以反馈到用人单位所在地的人力资源与社会保障局申请劳动仲裁，要求认定用人单位单方面变更的劳动合同内容无效。
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