处理国有土地权属纠纷的程序如下：
1、申请当事人直接向争议土地所在地的县局或镇国土所提出书面申请的，提交下列材料。
(1)申请书申请书应载明以下事项：
a、申请人和被申请人的姓名或名称、地址、邮政编码、
法定代表人姓名和职务。
b、请求的事项和理由
(2)有关证据材料及证人的姓名、工作单位、住址、邮政编码。
(3)
委托代理人的，应提交
授权委托书，授权委托书应写明委托的事项和权限。
2、审查国土局、国土所审查，认为不应当受理的，7日内拟定不予受理建议书，报县国土局，县、镇人民政府作出不予受理决定(或政府授权，由县国土局作出)。当事人对不予受理决定不服的，可以依法
申请行政复议或
提起行政诉讼。
3、受理在决定受理之日起5个工作日内将申请书副本发送被申请人，被申请人应当在接到申请书副本之日起30日内提交答辩书和有关证据，逾期不提交的，不影响案件的处理。
4、确定案件承办人当事人认为承办人与争议案件有利害关系的，有权申请回避。是否回避，由国土局局长决定。
5、调查取证双方当事人对各自提出的事实和理由负有举证责任。
6、调解调解达成协议的，应当制作调解书，应双方当事人签名或者盖章，由承办人署名并加盖县国土局印章后生效。县国土局在调解书生效之日起15日内，将调解书送达当事人。
7、提出处理意见，草拟处理决定书，报批。调解未达成协议的，镇国土所或县国土局提出处理意见，起草处理决定书，将案卷上报镇人民政府或县人民政府，由镇人民政府或县人民政府作出处理决定。
8、送达处理决定书。
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