（一）补偿标准低
土地管偿标准授权由省、自治区、直辖市具体规定。而有的省、自治区、直辖市人民政府违反立法法的规定，没有严格按照授权目的行使该项权力，将该授权给下级行政机关，下级行政机关为了减少土地储存成本，维护地方政府利益，通常将补偿标准规定较低。
（二）随意性大
在农民
房屋拆迁补偿纠纷案件中，有的拆迁人暗箱操作，与被拆迁农户签订
拆迁安置补偿协议严重缺少公开、公平性，对同样被拆迁农户的房屋，在同等的条件下，得到的安置补偿结果不一样；另外，有的农村
集体经济组织依法收回
土地使用权的补偿标准，交由村民会议按照民主议定程序决定，补偿标准随意性大。
（三）拆迁协议凸显家事代理性
在农村，集体土地上的房屋一般仅办理了
集体土地使用权证，而未办理
房屋所有权证。有不少
拆迁补偿协议不是与
被拆迁房屋所有人和
宅基地使用权人（或户主）订立的，而是在本人未签字或授权的情况下，由享有
家庭共同财产权的其他家庭成员以自己名义与拆迁人订立拆迁补偿协议，此类拆迁协议往往在一定程度上表现为家事代理的性质。
（四）处理难度大
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