子公司必须独立核算，独立申报纳税。分公司不是独立法人，可以不独立核算，所得税可以在总公司合并汇算清缴。
1、
企业所得税的规定
子公司应当单独计算应纳税额，在注册地缴纳税款，并适用按月(或季)预缴、年底汇算清缴的规定。设立为分公司后，在企业所得税的征管上执行跨地区汇总缴纳企业所得税的规定。
相关的企业所得税审批、备案事项，子公司自行收集整理资料，向当地所得税主管税务机关申请。分公司应由总机构收集整理资料，并向总机构所在地所得税主管税务机关申请。
2、其他税种的影响
增值税上，根据《增值税暂行条例》的规定：固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税;总机构和分支机构不在同一县(市)的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税。因此，无论设立成子公司还是分公司，都需在机构所在地
缴纳增值税。其他地税，如房产税、
土地使用税，均需在资产所在地纳税;而
个人所得税也应在企业生产经营当地缴纳。因此，无论设立成子公司还是分公司，对项目所在地的地税基本不产生影响。
《中华人民共和国企业所得税法》第五十条
除税收法律、行政法规另有规定外，居民企业以企业登记注册地为纳税地点;但登记注册地在境外的，以实际管理机构所在地为纳税地点。
居民企业在中国境内设立不具有法人资格的营业机构的，应当汇总计算并缴纳企业所得税。
《中华人民共和国增值税暂行条例》第二十二条
增值税纳税地点：
固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。总机构和分支机构不在同一县(市)的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税;经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。
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