小产权房的产生、存在与发展有着深刻的历史与现实原因。其一是因为城市住房保障体系和农村社会保障体系的不完善。近10年来，城市商品房价格快速上涨，城市保障性住房又无法满足民众需要，市场旺盛需求自然会流向既无费也无税的集体土地，村集体或乡镇政府为了创收以补贴财政不足，也需要城市购买力来填补农村的消费空当，农民也需要增加收益。其二是因为
新农村建设、旧城改造、
城中村改造催生，为其发展提供了便利条件。在国家要求的新农村建设、旧城改造、城中村改造中，有些村集体或乡镇政府自身的行为能力比较强，甚至有些村集体或者村民可能不是那么遵纪守法，将用于新农村建设、旧城改造、城中村改造的农民集体所有土地和宅基地同开发商搞合作开发，然后将一部分房子以低廉的价格卖给农民，另一部分房子便由开发商出售给城镇居民并获取利润。其三是因为司法和行政管理制度的缺失所致。我国实行的是城市国有土地和农民
集体建设用地二元结构，城市国有土地和农民集体土地在制度层面上有不平等的地位，城市国有土地有正式的
土地使用权拍卖市场，实行市场定价，
农村集体土地不可流转，其土地流转的使用权市场体系和价格形成机制一直没有建立起来，致使二者在价格上相差悬殊。其四是行政监管的缺失酿成。对小产权房的存在，政府早就出台了相关的法律法规予以规制，但相关管理部门失职，监管不力，出现严重缺位和
行政不作为所致。一方面，土地管理部门未能从源头上扼制住这种畸形产权房的出笼；另一方面，大量小产权房进入市场后，相关部门未能采取有效措施加大对开发商的处罚力度，从而使小产权房就从开始的悄然冒出到如今的拔地而起。
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