首次申请电子往来港澳通行证，必须由本人提交申请。但申请人曾在本省申领过或已持有效电子往来港澳通行证的，符合现行规定代办情形的，可由相关组织和个人代为申请。

申请人需留存或核验指纹。对首次申请电子往来港澳通行证的16周岁以上(含)申请人，需采集或核验指纹。对16周岁以下的申请人，是否采集指纹根据其监护人的意见确定。已经申领电子普通护照并留存指纹的，无需再采集指纹，但要进行指纹核验。

现行港澳通行证可以继续使用。电子往来港澳通行证启用后，仍在有效期内的现行往来港澳地区通行证(本式)及往来港澳签注(贴纸式)可以继续使用。持本式往来港澳通行证的，可继续申请贴纸式往来港澳签注。本式往来港澳通行证持证人，未持有效签注的，也可以申请换发电子往来港澳通行证。

符合条件的持证人可使用内地和港澳地区自助查验通道。内地口岸边检机关对7周岁以上(含)、已留存指纹信息的持证人，均允许经自助通道通行。根据香港入境事务处的规定，16周岁以上(含)人员可以使用香港自助查验通道。16周岁以上(含)、持用新申领的电子往来港澳通行证首次入境香港的，须经人工检查获准入境，方可在该次入境后使用自助查验通道。根据澳门治安警察局的规定，11周岁以上(含)人员可以使用澳门自助查验通道。

电子往来港澳通行证有效期有所改变。成人证件有效期由5年延长为10年，对未满16周岁的人员仍签发5年有效通行证。